Ιδρύθηκε από τους αδελφούς μοναχούς Νεκτάριο και Θεοφάνη, μέλη της σημαντικής οικογένειας των Αψαράδων. Οι αδελφοί Αψαράδες,  αφοσιώθηκαν από νέα παιδιά στη μοναχική ζωή. Το 1506- 1507 ίδρυσαν τη Μονή του Αγίου Προδρόμου με την έγκριση του πατριάρχη  Παχωμίου και του τοπικού αρχιερέα.
Οι αδελφοί για την ανέγερση της μονής συνάντησαν πολλές δυσκολίες από τις τουρκικές αρχές.
 Από τη μονή σήμερα σώζονται το καθολικό, κι ανατολικά ένα ερειπωμένο κτίσμα. Είναι κτισμένη κοντά σε φυσική σπηλιά που σχηματίζει απότομος βράχος. Από την αυτοβιογραφία των αδελφών Αψαράδων, φαίνεται ότι στη θέση αυτή προϋπήρχε μικρός ναός από τον οποίο δεν έχει σωθεί κανένα ίχνος.
 Το καθολικό είναι ένας μικρός σταυρεπίστεγος ναός, τρυπωμένος κάτω από ένα βράχο, γιγαντιαίο, να σχηματίζει στη στέγη το σχήμα του σταυρού.
 Οι τοίχοι του ναού ποικίλλονται με αραιά τούβλα, άτακτα τοποθετημένα. Μια απλή οδοντωτή ταινία από τούβλα περιβάλλει τους τοίχους κάτω από το γείσο της στέγης.
 Μια άλλη περιβάλλει τα τρίβολα στενά παράθυρα, χαρίζοντας στη μονή του Προδρόμου αρχιτεκτονικό κάλλος.
 Οι αδελφοί Αψαράδες, φαίνεται ότι δεν πρόλαβαν να κοσμήσουν το εσωτερικό του ναού με αγιογραφίες.  Αναγκάστηκαν να την εγκαταλείψουν εξαιτίας της εχθρικής στάσης των τουρκικών αρχών και κατέφυγαν στα Μετέωρα, όπου ίδρυσαν το 1542 τη Μονή Βαρλαάμ.
 Η κτητορική επιγραφή του έτους 1789 μας πληροφορεί ότι τότε άρχισε η αγιογράφηση του ναού, προσφορά του ηγουμένου Αναστασίου. Την εποχή εκείνη τη μονή συντηρούσαν οι συντεχνίες των κρασοπώλων, των χατζήδων και των αγωγιατών, γιατί είχαν προστάτη τους τον Άγιο Ιωάννη τον Πρόδρομο. Μετά τον χαλασμό του νησιού, το 1822, οι τοιχογραφίες επιδιορθώθηκαν το 1824 και 1891 από προσφορές μελών των συντεχνιών.
 Από τις αγιογραφίες ξεχωρίζουν η Πλατυτέρα με τους Προφήτες, στο Ιερό Βήμα, η Πεντηκοστή, τα Σεραφείμ και οι Προφήτες Δανιήλ και Δαυίδ μέσα σε πλαίσια με φυτικούς έλικες, οι Άγιοι Μερκούριος και Παντελεήμων, προτομές των Αγίων Πορφυρίου και Μάμα, μέσα σε μετάλλια. Κάτω από το ιερό βήμα υπάρχει ένα είδος υπόγειας κρύπτης. Στην υπόγεια αυτή κρύπτη κατεβαίνει κανείς με τρία σκαλοπάτια και έχει έξοδο στη λίμνη.
Αριστερά του Καθολικού βρίσκεται ένα διώροφο κτίσμα που είναι υπερυψωμένο από τη στάθμη της αυλής της μονής. Αποτελείται από δυο διαμερίσματα που επικοινωνούν μεταξύ τους. Αυτά ήταν τα κελιά της μονής. Το υπόγειο, ισόγειο προς τη λίμνη αποτελείται από τρία διαμερίσματα. Κάθε διαμέρισμα έχει θύρα προς την πλευρά της λίμνης. Οι χώροι αυτοί θα ήταν μάλλον αποθήκες και στάβλοι της μονής.