Αρχικά ήταν αφιερωμένη στον Άγιο Νικόλαο. Όπως πολλές μονές, έτσι και αυτή ευεργετήθηκε από μια ξακουστή οικογένεια των Ιωαννίνων, που λέγεται Γκούμα ή Γκιούμα, το 1700.  Έτσι πήρε το όνομα Ι. Μ. Αγίου Νικολάου των Γκιουμάτων ή Μεθοδάτων.
Η ονομασία του μοναστηριού ως « Παναγιά η Ελεούσα» οφείλεται σε μια εικόνα της Παναγίας που υπήρχε στο ναό. Η εικόνα αυτή βρισκόταν στο μοναστήρι της Αγίας Παρασκευής στα Γιάννενα, που οι Τούρκοι το έκαναν τζαμί ( σήμερα στη θέση του υπάρχει το κτίριο της Νομαρχίας). Το 1584, ενώ η εικόνα είχε χαθεί, η μοναχή Παρθενία τη βρήκε μετά από όνειρο και σύμφωνα με τη Θεία εντολή τη μετέφερε στο μοναστήρι αυτό του νησιού.
Ο ναός είναι τύπος μονόκλιτης βασιλικής, καμαροσκέπαστος και χωρίς εξωτερική προεξοχή του Ιερού.
Στον τοίχο του Ιερού υπάρχει πλάκα με τη  χρονολογία 1748 που σημαίνει το έτος που ανακαινίσθηκε. Γιατί το καθολικό πρέπει να είναι κτισμένο πριν το 1584, όταν δηλαδή βρέθηκε η εικόνα της Παναγίας.
Μπαίνοντας στο νάρθηκα, στο δυτικό τοίχο, διακρίνουμε την κτητορική επιγραφή, πλαισιωμένη από τις εικόνες των κτητόρων της μονής. Σύμφωνα με την επιγραφή, το 1748 ολοκληρώθηκαν οι εργασίες ανακατασκευής των κελιών και της επέκτασης του ναού, όπως είναι σήμερα. Το 1759 τελείωσε η αγιογράφηση του από τον ζωγράφο Αναστάσιο, που καταγόταν  από το Καπέσοβο Ζαγορίου.
Στο νάρθηκα επίσης, βλέπουμε μια πολύ παραστατική εικόνα της Παλαιάς διαθήκης, όπου ο Αδάμ δίνει ονόματα στα ζώα, και το παράπτωμα των  πρωτόπλαστων.
Μια άλλη αγιογραφία του νάρθηκα είναι η χειροτονία του Αγίου Νικολάου καθώς επίσης και η κοίμηση του.
Στο θόλο του νάρθηκα βλέπουμε τη ζωγραφική αναπαράσταση ενός ποιητικού κειμένου από την ακολουθία του όρθρου, τους Αίνους. Οι πιστοί, μαζί με τους αγγέλους, αινούν το Θεό, κρατώντας και παραδοσιακά μουσικά όργανα.
Στον κυρίως ναό αγιογραφίες και ολόσωμους Αγίους παρόμοιες με εκείνες που είδαμε στις μονές Φιλανρωπινών και Στρατηγοπούλου αν και είναι ιστορημένες 2 αιώνες αργότερα.
Στον Άγιο Ιωάννη τον Πέρση, διακρίνουμε και το εγκόλπιο, όπως έφεραν οι ολόσωμοι Άγιοι των άλλων μονών.
Εδώ ο Άγιος Ζωσιμάς μεταλαμβάνει την Οσία Μαρία την Αιγύπτια λίγο πριν την κοίμηση της.
Εντυπωσιακή είναι η λατρευτική εικόνα της Παναγίας της Ελεούσας με αργυρή επένδυση, έργο του ιερέα Διαμαντή από τους Καλαρρύτες, το 1769, που βρίσκεται στο ναό.
Στη μονή Ελεούσας ανήκει και η φορητή εικόνα  του αρχάγγελου Μιχαήλ, έργο του ζωγράφου Εμμανουήλ Τζάνε- Μπουνιάλη, φτιαγμένη το 17ο αιώνα.
Νεότερη εικόνα, του 19ου αιώνα, είναι αυτή του Αγίου Γεωργίου πάνω στο άλογο του. Περιβάλλεται από μικρότερες εικόνες που δείχνουν σκηνές από τη ζωή του, το μαρτύριο και τα θαύματα του.