Οι πρώτες ανασκαφές στο χώρο της Δωδώνης, χάρη στις οποίες ταυτίστηκε με ασφάλεια η θέση του μαντείου, έγιναν από τον Ηπειρώτη πολιτικό Κωνσταντίνο Καραπάνο στα 1875, με άδεια της τουρκικής Πύλης.
Μετά την απελευθέρωση της Ηπείρου από τους Τούρκους, την ανασκαφή ανέλαβε να συνεχίσει η Ελληνική Αρχαιολογική Εταιρεία με τον καθηγητή Γ. Σωτηριάδη αρχικά (1921) και αργότερα με τον καθηγητή αρχαιολογίας Δημήτρη Ευαγγελίδη (1929- 1933)
Οι νεότερες συστηματικές ανασκαφές εγκαινιάζονται μετά το 1950 και διεξάγονται από την «Εν Αθήναις Αρχαιολογική Εταιρεία». Για πάρα πολλά χρόνια τη διεύθυνση των ανασκαφών είχε ο καθηγητής Σωτήρης Δάκαρης, ενώ μετά το θάνατό του (1996), η έρευνα συνεχίζεται από συνεργάτες του στο Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων.